严格意义上，我国政府采购代理机构包括集中采购机构和社会采购代理机构两大类。基于业界对集中采购机构收取服务费的合法性和合理性存在质疑，这里所探讨采购代理机构收取代理服务费问题，主要针对集中采购机构以外的社会采购代理机构来说比较合适。
毋庸置疑，从不同的政府采购活动当事人利益出发，会形成不同的方案选择倾向。只有在综合考虑两种方案优缺点、结合行业实际操作习惯并兼顾当事人各方权益后做出的选择才相对合理。
方案一：从有利于采购代理机构经营管理的角度出发，选择继续由采购代理机构向中标（成交）供应商收取更合适。
目前，在政府采购实际操作过程中。除少数地方政府采购主管部门（或者采购人）有明确规定（或要求）由采购人支付外，基本上采用此种收取方式。
一般在采购文件中明确收费标准和收取方式。具体收取方式为：采购代理机构在发出中标（成交）通知书同时发出中标（成交）服务费通知单，要求中标（成交）供应商在领取通知书原件时一次性支付服务费，经中标（成交）供应商同意也可以在收取的投标保证金中直接进行服务费转扣。
此种收取方式具有以下优点：（1）有利于调动采购代理机构的咨询工作积极性；（2）有利于保证服务费收取的及时性和便利性；（3）有利于提高代理机构经营收入资金周转率。
当然在少数特殊情况下，也存在以下缺点：（1）不利于采购人对采购代理机构提供的采购服务质量和行为进行事中有效监控；（2）如采购人对采购代理机构提供的服务或结果不满意，甚至因采购代理机构的原因导致采购失败、采购违法违规等情况发生时，不利于采购人对采购代理机构进行服务费扣减或不予支付等采取后处理。
方案二：从有利于采购人采购管理的角度出发，由采购人支付更合适。
目前，在实际操作过程中，少数地方政府采购主管部门（或采购人）有明确规定（或要求）由采购人支付采购代理机构服务费。一般通过委托采购合同进行约定，具体支付方式有分期支付和一次性支付两种。
分期支付一般在签订合同后一定时限内支付一定比例的首付款，待采购服务结束即采购合同签订后或发出中标（成交）通知书后一定时限内支付余款。大部分项目采用服务结束后一次性支付。
采用此种收取方式的优点是：（1）有利于采购人对采购代理机构的服务质量进行有效管控；（2）有利于保障采购人对因采购代理机构原因导致采购违法或采购失败实施后处理。缺点是：（1）不利于提高采购代理机构的咨询工作积极性；（2）增加了财政预算和支付手续的程序复杂性。
综合考虑以上对比分析，个人建议，在不改变现有习惯做法的前提下，采用方案一比较合适，继续由采购代理机构向中标（成交）供应商收取。为保障采购人对采购代理机构服务质量管控的权利，建议将采购人评价意见与服务费收取有效对接，如采购人提出要求，可在采购文件中明确规定，向中标（成交）供应商发出服务费通知单应附采购人确认可收取服务费的函件，否则中标（成交）供应商可不予支付服务费。
个人认为，随着国家进一步简政放权，政府采购代理资质行政许可取消改为网上登记制管理以后，不具备代理资质的咨询企业批量涌入代理市场，由于新进企业从业人员执业素质和服务水平参差不齐，可能造成采购服务质量和市场混乱等诸多问题，所以加强对采购代理机构的信用评价管理非常迫切也非常必要。
如何加强对采购代理机构的信用评价管理，应以规范采购代理机构从业行为、提高代理机构工作质量、采购效率和服务水平为出发点，根据《中华人民共和国政府采购法》及《政府采购法实施条例》等有关规定，制定《政府采购代理机构信用评价管理办法》，合理设置评价内容、评价方法、评价程序以及评价结果和评价等级应用等具体规定。
1.评价内容。建议综合考虑以下因素：（1）从业人员综合素质。主要包括从业人员的数量、学历、执业资格以及职称情况，学术论文、书籍出版、课题研究等成果情况，是否存在违法犯罪情况等。（2）企业制度建设。主要包括是否建立与开展代理业务相适应的内部管理制度。（3）采购代理业务操作。包括委托代理、文件编制、方式变更、信息公告、保证金、评审过程、中标成交、合同管理、质疑答复等环节的操作规范程度，评价依据来源于网上要求提交的一定数量的项目全过程文件资料以及财政部门当年组织的对政府采购代理机构年度执业情况的监督检查结果。（4）政府采购代理经营业绩。包括采购代理项目数量、成交金额、节资率等。（5）履约及信誉社会评价。包括采购人、供应商、评审专家以及监督管理部门对于代理机构的服务评价情况。重点考核采购代理机构是否存在有效质疑、投诉，是否被列入“政府采购严重违法失信行为记录名单”、企业及法定代表人是否存在有效的失信被执行人记录等情况。
2.评价方法。评价活动实施机构可以为政府采购行业主管部门或行业协会，每两年组织一次。为增加权威性，实施机构可委托第三方信用评价服务机构组织评价。评价方法可采用综合打分法，根据评价内容以定量和定性相结合设置评价权重和分值，按评价总得分设置一、二、三、四、五档星级信用等级，最高为五星级，信用评价等级有效期为二年。
3.评价程序。评价程序可分网上申请、初评、公示、终评、发证等阶段。建议凡是已办理网上登记注册的采购代理机构（也可以限定企业经营年限），可以在规定的时限内，统一在中国政府采购网（www.ccgp.gov.cn）或其工商注册所在地省级分网站提交申请评价文件；实施机构或第三方信用评价服务机构，根据申请企业网上提供的资料进行初步评审，确定申请企业的信用等级并提出信用评价报告；初评结果在中国政府采购网（www.ccgp.gov.cn）等媒体上进行公示（一定期限），接受社会监督和评议；公示期结束后，最终审核确定；对通过信用评价的采购代理机构颁发统一格式和编号的信用评价证书和信用评价标牌，并将评价结果公布在网上。为确保评价结果的客观公正和科学有效，建议对参评获证企业实行信用评价动态管理制度，在信用评价结果有效期内，实时跟踪了解企业信用状况。对存在违法违规且受到行政处罚的代理机构，可撤销其信用等级，及时向社会公布。
4.评价结果及信用等级应用。建议在中国政府采购网设置采购代理机构信用评价信息专栏和查询窗口，供采购单位和社会公众查阅、监督，并作为采购人选择代理机构委托其代理采购业务的参考依据。为积极推动采购代理机构服务能力建设，建议评价等级考核结果可以与服务收费标准、参加投标、竞选评审加分等实行挂钩。
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